ASV Slimību kontroles un profilakses centri CDC izveidoja konsorciju, lai uzsāktu valsts sekvencēšanas laboratoriju tīklu, kas paātrinās SARS-CoV-2 secību datu publiskošanu. Ātra atklātu koronavīrusa secību datu izlaišana palīdzēs Covid-19 sabiedrības veselības reakcija, veicināt inovācijas un atklājumus, kā arī veicināt izpratni par šo un turpmākajām pandēmijām.
šis SARS-CoV-2 sekvencēšana sabiedrības veselības ārkārtas reaģēšanai, epidemioloģijai un uzraudzībai (SPHERES) konsorcijs, kas ievērojami paplašinās izmantošanu visa genoma sekvencēšana (WGS) no COVID-19 vīrusa. SPHERES nodrošinās konsekventus, reāllaika secības datus sabiedrības veselības reaģēšanas komandām, kas izmeklē Covid-19 gadījumus un kopas visā valstī.
Šis jaunais konsorcijs palīdzēs viņiem labāk izprast, kā vīruss izplatās gan valsts, gan vietējās kopienās. Savukārt labāki dati palīdzēs sabiedrības veselības amatpersonām pārtraukt pārnešanas ķēdes, novērst jaunus saslimšanas gadījumus un aizsargāt un glābt dzīvības.
“ASV ir pasaules līderis progresīvās ātrās genoma sekvencēšanas jomā. Šiem koordinētajiem centieniem mūsu publiskajās, privātajās, klīniskajās un akadēmiskajās sabiedrības veselības laboratorijās būs būtiska nozīme SARS-CoV-2 pārnešanas, evolūcijas un ārstēšanas izpratnē. Esmu pārliecināts, ka mūsu izcilākie, prasmīgākie prāti strādā kopā, lai palīdzētu mums glābt dzīvības šodien un rīt,” sacīja CDC direktors Roberts Redfīlds, MD.
Covid-19 vīrusa izsekošana, kad tas attīstās
Genoma secību dati var sniegt nebijušu ieskatu SARS-CoV-2, vīrusa, kas izraisa COVID-19, bioloģijā un palīdzēt noteikt mainīgo pandēmijas ainavu. Sekvenējot vīrusus no visas ASV, CDC un citas sabiedrības veselības iestādes var uzraudzīt svarīgas vīrusa izmaiņas un izmantot šo informāciju, lai vadītu kontaktu izsekošanu, sabiedrības veselības mazināšanas pasākumus un infekciju kontroles stratēģijas.
SPHERES konsorcijs ir vērienīgs darbs, lai koordinētu SARS-CoV-2 genoma sekvencēšanu valsts mērogā, apvienojot desmitiem mazāku individuālu darbu vienotā, izplatītā laboratoriju, iestāžu un korporāciju tīklā. Konsorcijs apvieno 40 valsts un vietējo sabiedrības veselības departamentu, vairāku lielu klīnisko laboratoriju un vairāk nekā divu desmitu sadarbības iestāžu zināšanas, tehnoloģijas un resursus federālajā valdībā, akadēmiskajās aprindās un privātajā sektorā.
SPHERES noteiks paraugpraksi un vienprātīgus datu standartus, paātrinās atklāto datu apmaiņu un izveidos resursu un zināšanu kopumu, lai palīdzētu ieviest progresīvas tehnoloģijas valsts reaģēšanai uz Covid-19.
SPHERES dati ir atvērti, kopīgoti
Konsorcija locekļiem ir kopīga apņemšanās nodrošināt ātru atklātu secību koplietošanu. Viņi plāno iesniegt visus noderīgos secību datus publiskajās krātuvēs Nacionālās medicīnas bibliotēkas Nacionālajā biotehnoloģijas informācijas centrā (NLM/NCBI), Globālajā putnu gripas datu koplietošanas iniciatīvā (GISAID) un citās publiskajās secību krātuvēs. Tas palīdzēs nodrošināt, ka vīrusu secību dati no visas Amerikas Savienotajām Valstīm ir ātri pieejami sabiedrības veselības lēmumu pieņemšanai un ir brīvi pieejami pētniekiem visur.
Konsorcija dalībnieki ir:
Federālās aģentūras un laboratorijas
Slimību kontroles un profilakses centri, uzlabotas molekulārās noteikšanas birojs
Argonne National Laboratory
Aizsardzības veselības aģentūra, Globālais infekciozais slimība Uzraudzība
Pārtikas un zāļu pārvalde
Lawrence Berkeley Nacionālā laboratorija
Los Alamos National Laboratory
Nacionālais alerģijas un infekcijas slimību institūts, Genomikas un progresīvo tehnoloģiju birojs
Nacionālais standartu un tehnoloģiju institūts
Nacionālās medicīnas bibliotēkas Nacionālais biotehnoloģijas informācijas centrs
Valtera Rīda armijas pētniecības institūts
Valsts/vietējās sabiedrības veselības laboratorijas
Arizona
Kalifornija
Delavēra
District of Columbia
Florida
Hawaii
Maine
Maryland
Masačūsetsa
Mičigana
Minesota
Ziemeļkarolīna
North Dakota
Nevada
Jaunā Meksika
NY
Jūta
Virginia
Vašingtona
Viskonsina
Vaiominga
Akadēmiskās iestādes
Baylor Universitāte
Cornell University
Freda Hačinsona vēža izpētes centrs
Sinaja kalna medicīnas skola
Ņujorkas universitāte
Ziemeļrizenes universitāte
Bufalo universitāte
Kalifornijas universitāte
Kalifornijas Universitāte, Davis
Kalifornijas Universitāte, Irvine
Kalifornijas Universitāte, Losandželosa
Kalifornijas Universitāte, Sanfrancisko
University of California, Santa Cruz
University of Chicago
Merilendas Universitāte
University of Minnesota
Nebraskas Universitāte
Ņūmeksikas Universitāte
Vašingtonas Universitāte
Jēlas universitāte
Korporācijas
Abbott diagnostika
bioMerieux
Krāsu genomika
Gingko biotehnika
IDbyDNA
Q-Tel
LabCorp
Viens kodekss
Oksfordas Nanopore Technologies
Klusā okeāna biozinātnes
Qiagen
Quest diagnostika
Patiešām Dzīvības zinātnes
Korporāciju nosaukumi ir sniegti tikai informatīvos nolūkos, un to iekļaušana šeit nenozīmē, ka ASV Slimību kontroles un profilakses centri apstiprina korporācijas vai kādu no to komerciālajiem produktiem vai pakalpojumiem.
Bezpeļņas sabiedrības veselības vai pētniecības institūti
Sabiedrības veselības laboratoriju asociācija
Bils un Melinda Gates Foundation
Plašais institūts
Chan Zuckerberg BioHub
Kreiga Ventera institūts
Sabiedrības veselības alianse genoma epidemioloģijai
Scripps pētījumi
Džeksona laboratorija
Translācijas genomikas pētniecības institūts – Ziemeļi
Valdera fonds
Pēdējo sešu gadu laikā CDC uzlabotās molekulārās noteikšanas programma ir ieguldījusi līdzekļus federālās un valsts sabiedrības veselības laboratorijās, lai paplašinātu patogēnu genomikas un citu progresīvu laboratorijas tehnoloģiju izmantošanu infekcijas slimību uzraudzībai un uzliesmojuma reaģēšanai. Pašreizējo konsorcija ieguldījumu mērķis ir glābt dzīvības SARS-CoV-2 pandēmijas laikā un sagatavot Amerikas Savienotās Valstis un pasauli turpmākai pandēmijas reakcijai.
Lai uzzinātu vairāk par genoma sekvencēšanu vai CDC darbu uzlabotajā molekulārajā noteikšanā, apmeklējiet vietni https://www.cdc.gov/amd/
